GTA San Andreas отличается от двух предыдущих частей серии игр существованием целого ряда мифов вокруг неё, появлению которых способствовала большая территория штата, требующая много времени на изучение. Вскоре после выхода игры на многих форумах стали появляться сообщения об открытых в Сан-Андреасе Пигси, НЛО, снежном человеке и «кожаном лице» с приведёнными скриншотами. Однако все доказательства оказались поддельными. Бытовали и менее известные мифы (о наличии в игре Лох-Несского чудовища, некого «серийного убийцы», призрака матери Карла Джонсона, а также о загадках, связанных с инвалидной коляской на пирсе озера, в деревне Паломино Крик), также не получившие никаких достоверных подтверждений. Единственными «загадками», реально выявленными в игре, стали так называемые «автомобиль-призрак» — эффект, наблюдаемый в Back o’ Beyond и вызванный тем, что разработчики поместили пустую машину (с повреждениями по умолчанию) на склон холма (в результате чего с определённого ракурса можно наблюдать, как она съезжает вниз сама по себе) и культ «Эпсилон», который активно изучается геймерами до сих пор.
В игре имеется множество пасхальных яиц. Одним из наиболее известных является табличка на вершине опоры моста Гант, с надписью «There are no Easter Eggs up here. Go away» — «Здесь нет пасхальных яиц, уходи отсюда» и табличка рядом с южным концом моста, которая описывает его характеристики как игрового объекта (вес в байтах, прорисовка, текстуры и т. д.). Также GTA очень «любит» пасхалки сексуальной тематики: повсеместно (от граффити на стенах до зданий похожей формы) можно встретить символы в виде фаллоса. Чрезвычайно часто в Сан-Андреасе встречается число 69 — отсылка к сексуальной позе 69.
Во время миссии в «Зоне 69» в одной из лабораторий можно заметить на столе монтировку — явный намек на Half-Life.
После миссии «Прощай, любимая!» вам звонит Праведник и говорит, что можно заехать за травой. Диалог оканчивается фразой из фильма Криминальное чтиво: «Кто это? Кто это? Я вас не знаю! Телефонный хулиган, телефонный хулиган!»
В районе Оушен Флэтс, что в Сан-Фиерро, на витрине Ammu-Nation можно заметить три слова: GUNS, GUNS, GUNS — код GUNSGUNSGUNS в GTA 3 давал оружие.
В местечке Angel Pine в мусорном ведре рядом с закусочной лежит карта из GTA: Vice City.
В доме на джойстике приставки можно заметить кнопки CJ, что является отсылкой к главному персонажу игры.